Duchovní služba a její koordinace je ve věznici zajišťována kaplanem věznice, ordinovaným diákonem církve.
Ve věznici působí i další dobrovolní duchovní, kteří do věznice pravidelně docházejí. Jsou to např. římskokatoličtí duchovní z farností Mimoň a Doksy a kazatel Apoštolské církve z Liberce. Ve věznici se angažují též členové NSSJ. Služba je vedena v rámci ekumenické spolupráce a vzájemné zastupitelnosti v oblastech, kde to povaha konfese umožňuje. Jsou vysluhovány společné vánoční a velikonoční bohoslužby apod. Koordinace duchovní služby je zajišťována tak, že kaplan jedná s jednotlivými duchovními a vedením věznice, rovněž zajišťuje organizaci jejich pravidelných setkávání s vězni. Ta se konají většinou v kapli věznice.
Služba kaplana je zakomponována do programů zacházení u těch odsouzených, kteří o ni projeví zájem. Za tímto účelem byly vypracovány projekty pro určité úseky práce kaplana. V rámci těchto programů dochází k úzké spolupráci mezi kaplanem, vedením věznice a odborníky oddělení výkonu trestu. Kaplan je také externím členem některých pracovních týmů, díky tomu se může snadněji zapojit do procesu resocializace vězněných osob.
Kaplan se též podílí v rámci extramurálních aktivit s odsouzenými na celé řadě projektů společně s dalšími zaměstnanci věznice. Za zmínku stojí např. pravidelně konané brigády na zámku Lemberk, tradiční bohoslužby na hoře Ralsko spojené s požehnáním věznici, brigády na cvikovské faře, kde se nachází zájmové centrum pro nepřizpůsobivou mládež. Velice zajímavá je také spolupráce s Evangelikálním teologickým seminářem Praha, jehož studenti v rámci své praxe, mohou konat s odsouzenými besedy se sociálně pastoračním zaměřením. Mimo věznici je duchovní služba zaměřena např. na reprezentaci práce s vězni na Velehradských dnech dobré vůle. Kaplan byl také v roce 2019 zvolen tajemníkem Vězeňské duchovenské péče, z. s.
V roce 2017 se podařilo ve spolupráci s Církví bratrskou a mezinárodní organizací Prison Fellowship International realizovat projekt Metanoia II, který v souladu s Koncepcí vězeňství do roku 2025 umožňuje církvím lépe spolupracovat s věznicí v oblasti návazné postpenitenciární péče o propuštěné osoby. Projekt získal v roce 2018 ocenění Ministra spravedlnosti.