Věznice Plzeň je zřízena nařízením ministra spravedlnosti České republiky č. 4/1997, o zřízení vazebních věznic a věznic, Generálního ředitelství Vězeňské služby České republiky, Institutu vzdělávání Vězeňské služby České republiky a zotavoven Vězeňské služby České republiky, ke dni 1. listopadu 1997 podle ust. § 4 odst. 3) zákona č. 555/1992 Sb., o Vězeňské službě a justiční stráži České republiky, jako jedna ze základních organizačních jednotek Vězeňské služby České republiky.
Z důvodu zajištění výkonu vazby u obviněných mužů a žen, včetně mladistvých pro Krajský soud Plzeň a okresní soudy Domažlice, Klatovy, Plzeň-město, Plzeň-jih, Plzeň-sever, Rokycany a Tachov je ve Věznici Plzeň zřízeno zvláštní oddělení pro výkon vazby.
Věznice Plzeň je profilována jako věznice s ostrahou. Jsou zde rovněž zřízena oddělení s ostrahou se středním stupněm zabezpečení, oddělení s ostrahou s vysokým stupněm zabezpečení, oddíl specializovaný pro výkon trestu odsouzených s poruchou osobnosti a chování způsobenou užíváním návykových látek, oddělení se zvýšenou ostrahou a oddíl specializovaný pro výkon trestu odsouzených trvale pracovně nezařaditelných.
Posláním specializovaného oddílu je omezovat a snižovat nebezpečnost a pravděpodobnost recidivy u rizikových pachatelů trestné činnosti vykonávajících trest odnětí svobody a přispívat k ochraně společnosti po jejich návratu do občanského života. Cílem skupinového specializovaného zacházení ve specializovaném oddílu je posílení sebenáhledu a změna rizikových postojů, hodnot, vzorců myšlení a chování odsouzených směrem k sociálně žádoucím formám, celková kapacita oddělení je 50 míst.
Odsouzeným trvale pracovně nezařaditelným je odsouzený, který je starší 65 let, pokud sám nepožádá o zařazení do práce, který byl uznán invalidním ve třetím stupni nebo jehož zdravotní stav neumožňuje trvalé pracovní zařazení (trpí závažnějšími zdravotními potížemi, jež znemožňují soustavný výkon práce, do níž je věznicí zařazen, resp. kterou mu věznice může nabídnout). Kapacita oddělení je 20 míst.
Ubytovací kapacita Věznice Plzeň je v současné době 1061 odsouzených a 143 obviněných, celkem tedy 1204 vězněných osob. K podstatnému navýšení ubytovací kapacity došlo otevřením nově profilovaného oddílu pro odsouzené s ostrahou zařazené v typu věznice s ostrahou, které bylo slavnostně otevřeno 11. ledna 2017 za přítomnosti ministra spravedlnosti a generálního ředitele VS ČR.
