Dlouholetou tradici má spolupráce se sdružením Sananim a PRAK. Zástupci těchto organizací pravidelně provádějí ve vazební věznici odborná sezení a přednášky. Převážně občanskému sdružení PRAK vedení vazební věznice umožňuje exkurze do Památníku pro žáky a studenty základních, středních, vyšších odborných a vysokých škol.
Spolupráci s nevládními organizacemi a občanským sektorem organizují pověření pracovníci Vazební věznice Praha-Pankrác. Pro kvalitní fungování je nezbytně nutná spolupráce se státními orgány, ale i společenskými organizacemi, s církvemi a občanskými sdruženími.
PRAK
Sdružení pro prevenci kriminality PRAK nabízí školám různorodé programy z oblasti prevence a rodinné výchovy, ze kterých si školy mohou vybrat. Sdružení působí převážně na poli primární prevence, která zahrnuje více složek činnosti. Občanské sdružení se zaměřuje na předávání informací, kdy je kladen důraz na práci s kolektivem a zážitkovou pedagogiku. Programy jsou zastoupeny exkurzemi, výjezdy, praktickými ukázkami a výpověďmi lidí, kteří mají s tématikou osobní zkušenost. Jednou z částí programu jsou i návštěvy věznic. Otázky práva a s tím spojený systém vězeňství patří ke každému lidskému společenství. Bezprostřední působení vězeňského prostředí je silným emotivním zážitkem. Žáci prožijí, byť na krátkou dobu, pocit omezení svobody a všeho, co vězeňské prostředí evokuje. Při výkladu a prohlídce vazební věznice se tak teorie spojuje s praktickým uplatněním práva.
Dále v rámci naplňování práv obviněných a odsouzených dochází ve vazební věznici ke spolupráci s těmito organizacemi
s orgány činnými v trestním řízení
- Policií České republiky
- státními zastupitelstvími
- soudy
- sociálními kurátory
s neziskovými a charitativními organizacemi
- Armáda spásy
- Naděje
- Probační a mediační služba
- PRAK
s civilními i soukromými podniky
- bankami a spořitelnami
- různými ústavy
- dětskými domovy