Historie Vazební věznice Praha-Pankrác sahá do devadesátých let 19. století. V roce 1852 byl vydán císařský patent č. 117 o Zločinech, přečinech a přestupcích, který byl na našem území používán jako trestní zákon téměř 100 let. Podle tohoto zákona byl trest odnětí svobody vykonáván v těžkém žaláři, žaláři a vězení. V této době přestala vyhovovat především z hygienických důvodů trestnice ve Svatováclavské kapli, a proto se na východní periferii města mezi Pankráci a Nuslemi v červenci roku 1885 započalo s výstavbou nové věznice. Výstavba byla ukončena v srpnu roku 1889 nákladem 1.200.000,- zlatých a první vězni zde byli umístěni v září téhož roku. Byl zde vykonáván trest těžkého žaláře, žaláře a vězení.
Věznice byla moderní stavbou. Měla centrální vytápění teplým vzduchem, na samovazbách byla vytápění horkovodní. Měla plynové osvětlení a vlastní plynárnu. Ve věznici byly koupelny, učebny (vězňové měli povinnost docházky do různých typů vzdělávání), přednáškový sál, tělocvičnu, 22 dílenských místností, 6 vycházkových dvorů, římskokatolický kostel, evangelickou kapli a modlitebnu pro věřící izraelského vyznání. Lůžková část vězeňské nemocnice měla 22 pokojů pro pacienty z řad vězňů. Vznikem Československé republiky v roce 1918 byl objekt využíván jako věznice Krajského soudu trestního v Praze a sloužil pro více jak 800 vězňů. Byl v té době největší z 37 věznic krajských soudů pro vyšetřovance a trestance s uloženým trestem do jednoho roku.
Významným mezníkem v historii pankrácké věznice bylo období okupace Československé republiky za 2. světové války hitlerovským Německem. Německá okupační správa zde zřídila vyšetřovací vazbu Německé kriminální policie gestapa. Dne 15. 4. 1943 říšský ministr spravedlnosti nechal v objektu věznice Pankrác zřídit popravčí místnost sekyrárnu a zařízení k vykonávání poprav stětím gilotinou. Od tohoto data do 26. 4. 1945 zde bylo popraveno 1.087 osob. Popravčím byl kat Weiss.
V padesátých letech tzv. období třídního boje zde byli umísťování a popravováni političtí vězni, např. JUDr. Milada Horáková a další účastníci III. odboje. Tyto popravy byly prováděny za budovou nemocnice, kde je dnes vybudován památník těmto obětem.
Dějiny českého vězeňství mají hlubokou minulost a zejména po roce 1989 procházely pankráckou věznicí nejen symbolicky.
Pankrácké věznice prošla vývojem od c.k. mužské trestnice v období habsburské monarchie k věznici Zemského či později Krajského trestního soudu v Praze v době první československé republiky. V průběhu druhé světové války byla využívána pro vazební a vyšetřovací účely nacistické justice a gestapa. Po osvobození v ní byli soustřeďováni nacističtí zločinci, zrádci a kolaboranti, které postihl spravedlivý trest.
Po uchopení politické moci komunisty se stala věznicí ministerstva vnitra, ve které byla držena celá řada politických vězňů, označovaných za tzv. třídní nepřátele. V souvislosti s vydáním zákona č. 59/1965 Sb. o výkonu trestu odnětí svobody byla přejmenována na nápravně výchovný ústav (NVÚ) č. 2 Praha. Byla však nadále využívána i pro výkon vazby a v období tzv. normalizace zde byli vězněni zastánci lidských práv včetně pozdějšího prezidenta Václava Havla. Od roku 1926 byla v areálu pankrácké věznice postupně zřízena čtyři popraviště. Byla zde popravena i celá řada odsouzených z politických důvodů včetně jedné ženy JUDr. Milady Horákové. V letech 1954 – 1968 bylo uvedené popraviště jediným místem k výkonu trestu smrti pro celou Československou republiku. Teprve v roce 1968 bylo zřízeno další popraviště v Ilavě a později v Bratislavě na Slovensku.
Poslední poprava v pankrácké věznici, tedy i poslední poprava v Čechách se uskutečnila v roce 1989. Místa, kde byli též vězněni a popravováni nevinní lidé z politických důvodů jsou trvalým mementem. Proto v pankrácké věznici postupně vznikla tři pietní místa, a to v bývalé sekyrárně, kde je zřízen Památník, na bývalém popravišti za vězeňskou nemocnicí a v popravčí cele v suterénu objektu věznice. Tato pietní místa jsou nejen připomenutím tragických událostí v minulosti, ale též vážným varováním do budoucnosti.
