Vězeňská služba České republiky poskytuje vězněným osobám duchovní služby v souladu s § 20 zákona č. 169/1999 Sb. a v souladu s vnitřními předpisy Vězeňské služby České republiky. Ve Věznici Rapotice aktuálně působí jeden kaplan, který poskytuje na základě individuálního zájmu zejména duchovní rozhovory, bohoslužby nebo biblické hodiny. Dále věznici navštěvují dobrovolní duchovní Římskokatolické církve, Křesťanských sborů a Náboženské společnosti Svědkové Jehovovi.
Kaplan organizuje na Vánoce a Velikonoce Ekumenickou bohoslužbu. V roce 2018 byly duchovní služby kaplana rozšířeny pro pracující odsouzené na dny pracovního volna.