Až do vyhlášení amnestie prezidenta republiky v roce 1990 byly v objektu tehdejšího nápravně výchovného ústavu umístěny odsouzené ženy zařazené převážně do II. nápravně výchovné skupiny a částečně i odsouzené ženy zařazené do I. nápravně výchovné skupiny. Součástí komplexu byl i ústav pro výkon trestu odnětí svobody mladistvých dívek a po určitou dobu také pobočka pro místní výkon trestu odnětí svobody odsouzených mužů zařazených do I. nápravně výchovné skupiny, kteří zde vykonávali údržbářské a stavební práce.
Od roku 1990 věznice sloužila pro výkon trestu odnětí svobody odsouzených žen všech tří nápravně výchovných skupin, mladistvých odsouzených žen, odsouzených mužů zařazených pro výkon trestu do I. nápravně výchovné skupiny. Mimo těchto kategorií odsouzených zde bylo zřízeno i oddělení pro výkon vazby žen z východočeského regionu.
Od roku 1994 v souladu s novelizací Zákona o výkonu trestu Věznice Pardubice zabezpečovala výkon trestu odnětí svobody odsouzených žen, mladistvých žen, zařazených do všech 4 typů věznic (A dohled, B dozor, C ostraha, D zvýšená ostraha), odsouzených mužů v typu věznice s dozorem a současně zde byl až do roku 2002 zabezpečován výkon vazby obviněných žen ze spádových okresů. V rámci jednotlivých typů věznic zde byla zřízena i specializovaná oddělení : oddělení s poruchou duševní a poruchou chování a oddělení odsouzených trvale pracovně nezařaditelných.
V roce 1998 došlo k vymístění odsouzených žen v typu věznice s dohledem a v souvislosti se zprovozněním Věznice ve Světlé nad Sázavou došlo postupně k vymístění všech odsouzených žen z Věznice Pardubice k dalšímu výkonu trestu odnětí svobody a to do vedle již zmíněné Věznice Světlá nad Sázavou do Věznice Opava a Vazební věznice Prahy Ruzyně do zvláštního oddělení v Řepích.
Dne 6. 5. 2004 opustila v 10.04 hodin věznici poslední odsouzená žena a věznice se stala ryze mužskou věznicí, která zabezpečuje standardní výkon trestu odnětí svobody pro odsouzené muže v typu věznice s dozorem a ostrahou a dále výkon trestu odnětí svobody ve specializovaných odděleních pro odsouzené muže trvale pracovně nezařaditelné v typu věznice s dozorem a ostrahou.
Dnes je věznice profilována pro výkon trestu odnětí svobody odsouzených s ostrahou s oddělením s nízkým, středním a vysokým stupněm zabezpečení. Ve věznici jsou dále zřízeny specializované oddíly pro výkon trestu odsouzených trvale pracovně nezařaditelných ve středním a vysokém stupni zabezpečení a zvláštní oddělení pro výkon trestního opatření odnětí svobody mladistvých.
zuj